PSIM berada di bawah Fakultas Ekonomi dan Manajemen (FEM) sekaligus Sekolah Pancasarjana IPB. Berdasarkan keputusan rektor IPB Nomor 027/K13/PP/2007, Program Pascasarjana Ilmu Manajemen merupakan Program Studi Mayor strata 2 yang berada di bawah Departemen Manajemen atau bersifat monodisiplin. Dengan demikian Program Studi Ilmu Manajemen Sekolah Pascasarjana (PSIM SP-s) memiliki homebase di Departemen Manajemen. Program Pascasarjana Ilmu Manajemen dipimpin oleh ketua program studi S2 dan dibantu oleh sekretaris program studi S2.